16 вересня 2001 року колективу закладу вручено Прапор ліцею.

Прапор ліцею являє собою прямокутне полотнище малинового кольору розміром 160х110 см із запасом для прикріплення до древка.

На лицьовій стороні Прапора в центрі зображено малий Державний Герб України, обрамлений гілками лаврового дерева, що є символом слави. Під зображенням Тризуба розташована біла стрічка з гаслом ліцею «Вчитись перемагати».

На зворотній стороні Прапора у центрі міститься напис повної назви закладу «Кам’янець-Подільський ліцей з посиленою військово-фізичною підготовкою».

Усі написи на полотнищі Прапора виконані золотим шитвом.

Вільні сторони Прапора прикрашено золотою бахромою.

Древко Прапора дерев’яне, коричневого кольору. Верхівка древка виконана з жовтого металу у формі Тризуба. До трубки верхівки прикріплено тасьму, кінці якої прикрашено китицями. Тасьму та китиці сплетено з ниток жовтого кольору.